Đến tháng 7-2012, toàn thành phố có 54/65 trường đạt chuẩn Quốc gia mức I, chiếm 83%, cao nhất tỉnh gồm: Mầm non 6/24 trường (chưa chuẩn gồm: Đáp Cầu, Hạp Lĩnh, Khúc Xuyên, Vạn An, Hòa Long, Võ Cường 1), Tiểu học 22/22 trường, THCS 3/19 trường (chưa chuẩn gồm: Hòa Long, Vạn An, Nam Sơn).
Tỷ lệ trường chuẩn mức II của thành phố cũng dẫn đầu toàn tỉnh với 14/22 trường Tiểu học, chiếm 64% (toàn tỉnh 30%) và 3 trường Mầm non (toàn tỉnh mới có 7 trường). Hiện có thêm 2 trường Mầm non hội đủ các tiêu chí đạt chuẩn mức II, chuẩn bị đề nghị Hội đồng thẩm định cấp tỉnh kiểm tra công nhận là trường Mầm non Phương Anh (phường Suối Hoa) và trường Mầm non Vân Dương.
Riêng khối THCS, Bộ GD-ĐT chưa có các tiêu chí cụ thể cho trường chuẩn mức II, nhưng nhiều trường THCS trên địa bàn thành phố Bắc Ninh vẫn được đầu tư xây mới, hiện đại hóa nhiều hạng mục như nhà đa năng, phòng đồ dùng, phòng thí nghiệm… nhằm đảm bảo giá trị sử dụng lâu dài và từng bước đáp ứng tốt yêu cầu đổi mới giáo dục đề ra.