Kết thúc kỳ thi tuyển sinh vào các trường THPT công lập năm học 2012-2013, đầu tháng 8 tới, các trường THPT ngoài công lập bắt đầu xét tuyển những học sinh thi trượt vào học. Trường THPT tư thục Bắc Ninh đăng ký tuyển sinh 3 lớp 10 với 135 học sinh, đã được Sở GD-ĐT chấp thuận. Tuy nhiên mới đây, lãnh đạo nhà trường lại quyết định ngừng tuyển sinh, số học sinh còn lại được bàn giao cho trường THPT tư thục Nguyễn Du (phường Võ Cường, thành phố Bắc Ninh).
Được biết do nhiều nguyên nhân chủ quan lẫn khách quan, nên nhiều năm qua công tác tuyển sinh vào trường THPT tư thục Bắc Ninh rất khó khăn. Lúc cao điểm, trường có tới 1.000 học sinh theo học, đến năm học 2011-2012, trường đăng ký tuyển sinh 3 lớp 10 nhưng không tuyển được, toàn trường chỉ còn 2 lớp (1 lớp 12 với 51 học sinh và 1 lớp 11 với 31 học sinh). Tháng 6 vừa qua 51 học sinh đã hoàn thành kỳ thi tốt nghiệp THPT nên toàn trường chỉ còn 31 học sinh theo học. Số học sinh này vừa được Hiệu trưởng Nguyễn Văn Quý thống nhất bàn giao cho trường THPT tư thục Nguyễn Du đào tạo.
Trước đó, Hiệu trưởng Nguyễn Văn Quý cho biết nếu không tuyển được học sinh THPT, trường sẽ chuyển đổi mục đích sử dụng. Tuy nhiên chưa rõ việc chuyển đổi diễn ra như thế nào, vì ông chưa báo cáo việc này với Sở GD-ĐT.