Các hoạt động trong lễ hội chùa Bút Tháp được tổ chức theo nghi lễ truyền thống, trang trọng và phù hợp với cuộc sống đương đại. Phần lễ diễn ra trong khu nội tự với các hoạt động tín ngưỡng như: lễ cúng phật, lễ dâng hương, lễ cúng đàn trần tế cầu phúc, lễ cúng tổ… Sau khi thực hiện các nghi thức tế lễ, chiêm ngưỡng kiến trúc nghệ thuật độc đáo của ngôi chùa như: cầu đá, cối xay gạo, tháp bút, pho tượng phật Quan âm nghìn mắt nghìn tay-một bảo vật quý hiếm của Quốc gia, du khách còn được hòa mình trong không gian rộng lớn của phần hội với các hoạt động văn hóa văn nghệ như: hát Quan họ trên truyền rồng; hát chèo cùng nhiều chương trình biểu diễn nghệ thuật, giao lưu văn nghệ quần chúng tại khu vực Nhà văn hóa thôn Bút Tháp; các trò chơi dân gian đặc sắc và hoạt động thi đấu TDTT như: Cờ tướng, Tổ tôm điếm, Bóng bàn, Cầu lông…
Ông Nguyễn Văn Thành, Trưởng BTC Lễ hội chùa Bút Tháp năm 2012 cho biết: Nét đặc trưng nhất của lễ hội chùa Bút Tháp là Hội thi thả chim bồ câu bay diễn ra tại khu vực sân nhà Tổ với sự tham gia của hơn 160 đàn chim đến từ nhiều tỉnh, thành phố: Bắc Ninh, Bắc Giang, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên… Đây là nét đẹp văn hóa được duy trì tổ chức trong 10 năm liên tiếp .