Ngay khi thành lập, với định hướng mở rộng tầm nhìn, Bệnh viện Mắt Bắc Ninh đã ưu tiên tập trung phát triển chuyên môn, thực hiện khám và điều trị các bệnh về mắt bằng các phương pháp hiện đại: phẫu thuật mổ đục thủy tinh thể bằng phương pháp Phaco, phẫu thuật mộng bằng phương pháp ghép kết mạc tự thân không tái phát, phẫu thuật điều trị Glocom, khám và điều trị các bệnh về mắt, viêm giác mạc, viêm màng bồ đào, glocom, bệnh hắc võng mạc trung tâm thanh dịch, quản lý và theo dõi các biến chứng về mắt do các bệnh toàn thân như: tăng huyết áp, tiểu đường, thoái hóa hoàng điểm tuổi già…
Đây cũng là nơi thu hút sự tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong nước và quốc tế để phẫu thuật đục thủy tinh thể, mộng, quặm miễn phí cho nhân dân trong tỉnh, góp phần chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân trong lĩnh vực nhãn khoa ngày một tốt hơn. Năm 2012, Bệnh viện thực hiện phẫu thuật miễn phí 1.400 ca quặm, 161 ca đục thủy tinh thể do tổ chức FHF tài trợ. Cùng với chương trình “đi tuyến” tới các địa phương trong tỉnh, đơn vị đã khám, điều trị nội, ngoại trú cho hơn 33.600 lượt bệnh nhân tại bệnh viện. Công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân trong lĩnh vực nhãn khoa những năm qua đã góp phần quan trọng giảm, tiến tới đẩy lùi nguy cơ mù lòa do đục thủy tinh thể. Thực hiện tiếp nhận và bảo đảm quyền lợi cho bệnh nhân có thẻ BHYT (kể cả bệnh nhân tỉnh khác) không qua chuyển viện vẫn được hưởng 70% phí khám chữa bệnh theo quy định hiện hành đã thu hút số lượng không nhỏ bệnh nhân ngoại tỉnh đến với bệnh viện Mắt Bắc Ninh.

Khám sàng lọc để phẫu thuật miễn phí cho người dân.
Tuy nhiên, bệnh viện đã và đang có những khó khăn như: đơn vị không phải là nơi đăng ký khám bảo hiểm chữa bệnh ban đầu; hệ thống trang thiết bị khám chữa bệnh còn thiếu và cũ: chưa triển khai hệ thống công nghệ thông tin trong bệnh viện, chưa có đủ hệ thống khám khúc xạ và mài lắp kính, chưa được trang bị hệ thống khám, phẫu thuật bán phần sau nhãn cầu.
Những năm tiếp theo, Bệnh viện Mắt Bắc Ninh tiếp tục nâng cao năng lực hệ thống chăm sóc sức khoẻ về mắt phù hợp với nhu cầu cung ứng dịch vụ của người dân, từng bước nâng cao chất lượng dịch vụ y tế về mắt, phấn đấu từng bước đạt được mục tiêu “Thị giác 2020”: Kiểm soát các căn bệnh gây mù có thể phòng tránh được vào năm 2020, góp phần giảm tỷ lệ mù loà, nâng cao sức khoẻ và chất lượng cuộc sống cho nhân dân. Để đạt được thành tựu chung đó, bệnh viện đề ra nhiều mục tiêu cụ thể về phát triển chuyên môn kỹ thuật: Tiếp tục triển khai phẫu thuật giải phóng mù loà bệnh đục thể thuỷ tinh chất lượng cao; triển khai phẫu thuật các bệnh thuộc bán phần sau nhãn cầu, phẫu thuật thẩm mỹ, laser đục bao sau; theo dõi quản lý bệnh Glôcôm, đái tháo đường, cao huyết áp, phấn đấu thành lập bộ phận chuyên trách thực hiện; triển khai khám khúc xạ cho 4 trường học; làm tốt công tác phòng chống cận thị cho thanh thiếu niên; triển khai các chương trình chăm sóc mắt do các tổ chức tài trợ. Phấn đấu đến năm 2013-2015, cơ bản giải quyết mù tồn đọng do đục thuỷ tinh thể, giảm tỷ lệ quặm, kiểm soát tật khúc xạ học đường; phát triển kỹ thuật, thực hiện được 85% số kỹ thuật theo phân tuyến.